Doce equipos participarán en esta nueva edición; un equipo de Segunda División, dos de Primera RFEF, tres de Segunda RFEF y seis de Tercera RFEF.
Este 2025, la Fase Regional determinará un campeón que disputará la Fase Nacional de la Copa RFEF, a la par que se hará acreedor de una plaza en la próxima edición del Trofeo JCCM | Castilla-La Mancha en Juego, independiente de su clasificación o categoría al término de la presente temporada. Los emparejamientos quedan de la siguiente manera:

Cuartos de final (a disputarse antes del día 11 de agosto):

CD Tarancón – UB Conquense (1)
CD Huracán Balazote – YUGO UD Socuéllamos (2)
CD Toledo – CD Cazalegas Ébora Formación (3)
CD Illescas – Fibritel CD Villacañas (4)

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Semifinal (a disputarse antes del 17 de agosto):

5 | Vencedor de (1) – Vencedor de (2)
6 | Vencedor de (3) – Vencedor de (4)

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Final Trofeo JCCM | Castilla-La Mancha en Juego (a disputarse antes del 24 de agosto):

Vencedor de (5) – Vencedor de (6)

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Triangular Trofeo JCCM (fecha por determinar)

7 | CD Guadalajara – CF Talavera – CD Quintanar del Rey

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Final XXIV Trofeo JCCM (fecha por determinar):

Albacete Balompié – Vencedor de (7)

Los emparejamientos se fijarán siguiendo criterios de proximidad geográfica y, por norma general, en el campo de inferior categoría en la temporada 25/26 y, en caso de igualdad, ejercerá como local el equipo que hubiera disputado más partidos fuera de casa, con independencia de que hubiera iniciado o no la competición, salvo que lo hubieran hecho en idéntico número de ocasiones, en cuyo caso se jugará en el campo del equipo que hubiera quedado clasificado en mejor posición en la temporada 24/25.